История Счетной палаты Красноярского края началась в декабре 1995 года, когда Законодательным Собранием Красноярского края был принят Закон края «О Счетной палате Красноярского края», определяющий ее статус и регламентирующий деятельность. Свою фактическую деятельность Счетная палата начала с сентября 1996 года и стала одним из первых органов внешнего финансового контроля из числа созданных в субъектах Российской Федерации со статусом юридического лица.

В первые полгода работы контрольная деятельность осуществлялась только одним аудитором. Позднее уже тремя. Официального разделения направлений между ними, как такового, не существовало, хотя отраслевая специфика каждого начала постепенно складываться. В связи с увеличением объема и сложности контрольно-ревизионной деятельности и необходимостью более четкого разграничения сфер внешнего финансового контроля в работе аудиторов Постановлением Законодательного Собрания края в июне 1998 года были выделены 5 возглавляемых аудиторами направлений. С 2000 года деятельность палаты осуществляется уже по 7 аудиторским направлениям.

Претерпел изменения и основополагающий документ, регламентирующий деятельность Счетной палаты. С апреля 1998 года Закон края «О Счетной палате Красноярского края» был изложен в новой редакции, принятой с учетом наработанной аудиторами практики.

31 марта 2011 года Законодательное Собрание края приняло Уставный закон «О Счетной палате Красноярского края», в котором нашли отражения изменения федерального и краевого законодательства за прошедшее десятилетие. Новый закон установил правовой статус, полномочия органа, порядок организации и основы деятельности Счетной палаты Красноярского края, а также срок полномочий председателя, заместителя председателя и аудиторов. В декабре 2019 года в закон внесено новое полномочие по осуществлению Счетной палатой внешнего муниципального финансового контроля на основании соглашений о передаче полномочий с муниципального уровня. Осенью 2021 года Уставный закон о Счетной палате Красноярского края претерпел более значительные изменения: расширен круг полномочий Счетной палаты, к функциям финансового контроля добавлены задачи в сфере стратегического развития региона, эффективности управления государственной собственностью края. Усилена роль контроля за реализацией мер по результатам проведенных мероприятий. Расширена экспертно-аналитическая составляющая. Закреплена обязанность предоставления органами власти постоянного доступа к государственным информационным системам Красноярского края, необходимого для реализации полномочий Счетной палаты.

Счетная палата уделяет большое значение развитию многостороннего сотрудничества с органами внешнего государственного финансового контроля Российской Федерации.

С 2000 года Счетная палата края являлась членом Ассоциации контрольно-счетных органов Российской Федерации. С 2014 года – членом Совета контрольно-счетных органов при Счетной палате Российской Федерации, созданного и функционирующего с целью повышения эффективности системы государственного финансового контроля в Российской Федерации, координации деятельности контрольно-счетных органов различных уровней и укрепления партнерских отношений между ними.

Счетная палата принимает активное участие в мероприятиях, проводимых Советом, участвует в обмене информацией и опытом в различных сферах осуществления внешнего государственного финансового контроля, организовывает и проводит межрегиональные конференции с участием представителей контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации. Выстроенное взаимодействие позволяет фокусировать внимание Счетной палаты на наиболее актуальных и значимых сферах развития страны и региона, внедрять в деятельность передовые практики и положительный опыт работы коллег, повышая эффективность внешнего государственного финансового контроля в крае.

Большое внимание уделяется развитию в Красноярском крае внешнего муниципального финансового контроля. В 2011 году на базе Счетной палаты образован Совет контрольно-счетных органов Красноярского края, в состав которого вошли все муниципальные контрольно-счетные органы, созданные в крае. В рамках работы Совета проводятся обучающие семинары, круглые столы по актуальным вопросам внешнего финансового контроля. Обмен опытом осуществляется через сотрудничество при проведении совместных и параллельных мероприятий.

В процессе своей деятельности Счетная палата края также осуществляет взаимодействие с органами власти, контрольными и надзорными органами. На сегодняшний день подписано около 30 соглашений о сотрудничестве, предусматривающих формы и направления совместной деятельности, порядок обмена информацией.

Счетная палата является постоянно действующим органом внешнего государственного финансового контроля, образуемым Законодательным Собранием Красноярского края и подотчетным ему. В связи с этим депутатам представляется ежегодный отчет о деятельности.

На протяжении всего периода своего существования Счетная палата зарекомендовала себя как орган, не просто осуществляющий функции финансового контроля, ищущий недостатки и нарушения в деятельности проверяемых объектов, но и как авторитетный аналитический и экспертный элемент системы государственного управления в крае, вырабатывающий предложения по совершенствованию деятельности органов исполнительной власти с целью повышения эффективности управления государственными финансами и имуществом, развития экономики региона.

В настоящее время Счетная палата Красноярского края – это полноценный контрольно-счетный орган, успешно решающий задачи, вмененные действующим законодательством Российской Федерации и Красноярского края, строящий свою деятельность на основе стандартов финансового контроля, устоявшейся системе ценностей и морально-этических принципов.